1940年H.A.克雷伯斯提出三羧循環學說以來，檸檬酸的發酵機理逐漸被人們所認識。已經證明，糖質原料生成檸檬酸的生化過程中，由糖變成丙酮酸的過程與酒精發酵相同，亦即通過E-M途(tu)徑(jing)(jing)（二磷酸(suan)己糖途(tu)徑(jing)(jing)）進(jin)行酵(jiao)解(jie)。然后丙酮(tong)酸(suan)進(jin)一步氧化脫羧生成乙酰輔酶A，乙酰輔(fu)酶A和(he)丙(bing)酮酸(suan)(suan)(suan)羧化(hua)所生(sheng)成(cheng)的草酰乙酸(suan)(suan)(suan)縮(suo)合成(cheng)為檸檬酸(suan)(suan)(suan)并(bing)進(jin)入(ru)三(san)羧循環途(tu)徑。

檸(ning)檬酸是代謝過(guo)程(cheng)中的中間產物。在發(fa)酵(jiao)過(guo)程(cheng)中，當微生物體內的烏頭酸水合酶和異檸(ning)檬酸脫氫酶活(huo)性很低、而(er)檸(ning)檬酸合成(cheng)酶活(huo)性很高時，才(cai)有利于檸(ning)檬酸的大量積累。  

發酵(jiao)(jiao)工藝分表面發酵(jiao)(jiao)和固體發酵(jiao)(jiao)，按不同(tong)工藝制備不同(tong)原料(liao)的培養基，然后(hou)進(jin)行蒸(zheng)料(liao)。蒸(zheng)料(liao)的目(mu)的是將(jiang)淀粉(fen)糊化，并(bing)進(jin)行滅(mie)菌。蒸(zheng)料(liao)時要使物(wu)料(liao)受熱(re)均勻(yun)，蒸(zheng)汽通暢，邊(bian)蒸(zheng)邊(bian)加(jia)料(liao)，把料(liao)加(jia)在冒汽的地方(fang)，逐層加(jia)入。蒸(zheng)好的物(wu)料(liao)要揚散攤涼(liang)，當溫度降至(zhi)37℃以(yi)下，即可(ke)補(bu)水接(jie)種，裝盤發酵(jiao)，發酵(jiao)終點以(yi)酸(suan)(suan)度來決(jue)定，定期(qi)測定酸(suan)(suan)度，保證在酸(suan)(suan)度最高(gao)時出料，以(yi)免檸檬酸(suan)(suan)被細菌分(fen)解。

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